בכל שנה מתחילה את עבודתה במרכז מנדל סכוליון קבוצת מחקר חדשה, למשך שלוש שנים. אחת משאיפות המרכז היא שבוגרות ובוגרי מנדל סכוליון ישמרו ויטמיעו את נורמות העבודה המשותפת גם לאחר השהות במרכז. בין אם בין כתלי האוניברסיטה העברית בירושלים, בין אם באוניברסיטאות אחרות ובין אם במקומות נוספים בהם יהיו.
- העבר בעבר (תשפ"א-תשפ"ג)
- שולחנות ערוכים (תש"פ-תשפ"ב)
- אני-הוא (תשע"ט-תשפ"א)
- בלשנות היסטורית וסמנטיקה פורמלית (תשע"ח-תש"פ)
- חומרים לשינוי (תשע"ז-תשע"ט)
- צליל, דימוי ומרחב (תשע"ו-תשע"ח)
- שאלה של זהות (תשע"ה-תשע"ז)
- התהוות העברית החדשה (תשע"ד-תשע"ו)
- כוחה של תמונה (תשע"ג-תשע"ה)
- ארוס, משפחה וקהילה (תשע"ב-תשע"ד)
- ארכיאולוגיות של זיכרון (תשע"א-תשע"ג)
- יהודים וערים (תש"ע-תשע"ב)
- הדמיון הפרשני (תשס"ט-תשע"א)
- דעת ומכאוב (תשס"ח-תש"ע)
- על דת המקום ועל דת הקהל (תשס"ז-תשס"ט)
- עולים ויורדים (תשס"ו-תשס"ח)
- חינוך ודת (תשס"ה-תשס"ז)
- היהודים בין תרבות רב ותרבות מיעוט: מקרה ביזנטיון (תשס"ד-תשס"ו)
- דרכי יצירת קנון: המקרה של גניזות קהיר (תשס"ג-תשס"ה)