מרכז מנדל סכוליון הוקם בשנת תשס"ג ביוזמת נשיאהּ לשעבר של האוניברסיטה העברית, פרופ' מנחם מגידור, ובסיועה הנדיב של קרן מנדל. מטרתו המקורית של המרכז הייתה לעודד נתיבי מחקר רב תחומיים אשר יעמידו את מדעי היהדות במרכז השיח התרבותי המתנהל בארץ ובעולם, וגם יבססו את מעמדה של האוניברסיטה העברית כגורם מוביל בחקר היהדות. החל משנת תשע"ב, הורחב המנדט של המרכז כך שהוא כולל היום את כל התחומים והמקצועות של מדעי הרוח.
בביתנו שבקומה השנייה של בניין מנדל בהר הצופים אנו שואפים ליצור, לצד שותפינו בבית הספר מנדל, קהילה אקדמית רב תחומית חיה ותוססת, שתשכיל לכונן ולקיים בין כתליה שיח ושיג פורה, פתוח וידידותי. במרכז מנדל סכוליון מתקיימים במקביל שני פרויקטים: קבוצות מחקר הנבחרות אחת לשנה ופועלות למשך שלוש שנים כל אחת, וכן מלגות מנדל המוענקות בכל שנה לשניים עד שלושה בתר-דוקטורנטים מצטיינים ומצטיינות מהארץ ומחו"ל בתחום מדעי הרוח והיהדות, למשך שלוש שנים.