קבוצת המחקר "על דת המקום ועל דת הקהל: כתות מול כנסיות, מקדש מול בתי כנסת", שפעלה במרכז מנדל סכוליון בשנים תשס"ז-תשס"ט, ביקשה לחקור את היחס בין שני זוגות של ניגודים אשר עד כה נחקרו בדרך כלל כל אחד בהקשרו הנפרד. הניגוד הראשון הוא זה שבין דת המתמקדת במקום מסוים שהאל קידש לעומת דת שמספר מרכזיה כמספר קהילותיה. אולם לדיכוטומיה פשוטה זו הסתעפות מורכבת גם אל עבר השוני באופי הריטואל (קרבן לעומת תפילה) וסגנון הריטואל (פורמאלי לעומת בלתי-פורמאלי), וכן בענייני ריבונות והנהגה (כוהנים מלידה לעומת רבנים מבחירה), ובמעמד הקהילה בכלל. בדומה לכך, כתות שונות נבדלות מכנסיות לא רק בעקרונות דוקטרינאריים מסוימים או במערכת נורמטיבית מחודשת, אלא מחזיקות הן אף בגרסאות משלהן לאמונות ולפולחנים המקובלים בכנסייה, שלא לציין את השוני החד באג'נדה הפוליטית, וכפועל יוצא מכך בקוסמולוגיות ובאסכטולוגיות מיוחדות המסבירות את היבדלותם מן הממסד הכנסייתי. הקבוצה השקיעה את שלוש שנותיה בחקר הזיקה בין שני זוגות ניגודים אלו, בנסיון להבין באמצעות פרספקטיבה השוואתית את האחד באמצעות השני. זאת מתוך אמונה כי הגישה הסוציולוגית הנפוצה בחקר כתות וכנסייה עשוי להשליך אור על המעבר של היהדות ממקדש לבית כנסת. ולהיפך, הגישה ההיסטוריוגראפית הרווחת בתיאור אותו המעבר עשויה באותה מידה להבליט דקויות חשובות בשוני בין כת לכנסייה. למשל, חקר בתי כנסת, שהיו קיימים הן לפני והן אחרי חורבן הבית, בהשוואה למקדש עשוי להוביל להבנה טובה יותר את מצב היהדות בזמן שהממסד נעלם; ומדוע וכיצד קרה שלמרות ריבוי הכתות (פרושים, צדוקים איסיים וכו') שאפיין את תקופת הבית השני, שרדה רק כת אחת שנהייתה ברבות השנים לדת נפרדת.
חברות וחברי הקבוצה:
ד"ר גדעון ארן, פרופ' זאב וייס, ד"ר אסתר חזון, פרופ' דני שוורץ, ד"ר נעמה וילוז'ני, ד"ר אורי שוורץ, ד"ר נדב שרון, ד"ר מיכאל תובל.