תכנית מלגות מנדל מציעה בכל שנה בין שתיים לשלוש מלגות מחקר לבתר-דוקטורנטים מצטיינים ומצטיינות בתחומי מדעי הרוח והיהדות. מבין הפונים הרבים מהארץ ומחו"ל נבחרים חוקרות וחוקרים שהפגינו יכולות מחקריות יוצאות דופן, ושמחקרם עשוי להעשיר ולקדם את השיח האקדמי והתרבותי.
הקול הקורא להגשת המועמדות מתפרסם כל שנה בתחילת חודש יוני. התיקים של כל הפונים נשלחים להערכה חיצונית ולאחריה מתכנסת הועדה האקדמית של מרכז מנדל סכוליון המורכבת מחוקרים וחוקרות בעלי שם מן האוניברסיטה העברית וממוסדות אחרים בארץ ובעולם. מתוך כלל המועמדים נבחרים בקפדנות מספר קטן של חוקרים וחוקרות המוזמנים לראיונות עם חברי הוועדה האקדמית. החוקרים והחוקרות שנבחרים בתום תהליך זה נקלטים במרכז מנדל סכוליון לשלוש שנים. בתקופת שהותם במרכז, הם נהנים מתנאים אידיאליים לקידום המחקר האישי שלהם ומלמדים בכל שנה קורס שנתי בהיקף של 2 שעות שנתיות. קרן נדיבה עומדת לרשות המלגאים כדי לתמוך בהוצאות מחקר ועל מנת לארגן פעילות מחקרית.