עומר מיכאליס קיבל את תואר הדוקטור שלו מאוניברסיטת תל אביב בשנת תשע"ט, על עבודתו שעסקה בנושא שיח המשבר ומפנה המסורת בהגות היהודית בימי הביניים. הוא עוסק בהגות ובפילוסופיה היהודית בעולם האסלאמי, ומתמקד בתהליכים של יצירת, מסירת והטמעת ידע במסורת היהודית בימי הביניים, לאור תהליכים מקבילים בתרבות האסלאמית. לאורך השנים האחרונות, זכה מחקרו לתמיכתם של הועדה לחקר ימי הביניים באוניברסיטת הרווארד, המרכז ללימודי יהדות ועברית באוניברסיטת אוקספורד, מכון מקס פלאנק להיסטוריה של המדעים והמועצה להשכלה גבוהה בישראל.