ראובן עמיתי נולד בשנת 1955 בפילדלפיה שבארה"ב, וגדל שם ובסביבתה. לפני עלייתו ארצה בשנת 1976 היה פעיל בתנועת השומר הצעיר ולמד לימודי "מזרחנות" (עברית, ערבית, וההיסטוריה של המזרח התיכון) באוניברסיטת פנסילבניה (תואר ראשון ב-1976).  לאחר עלייתו התיישב בקיבוץ הראל והתגייס לצה"ל ב-1977 (שירת בנח"ל, השתחרר ב-1979, ושירת במילואים עד 2001). הוא עזב את הקיבוץ ועבר לירושלים בשנת 1982.

בשנת 1980 החל ראובן עמיתי את לימודיו באוניברסיטה העברית כמשתלם לתואר שני. הוא השלים את התואר השני בשנת 1985, ואת הדוקטורט ב-1990 (בהדרכתם של דוד איילון ז"ל ופיטר ג'קסון מאנגליה). את שנת הפוסט-דוקטורט בילה בפרינסטון, ושב ארצה כחבר הוראה בדרגת מרצה ב-1991. את דרגת המרצה קיבל ב-1993, מרצה בכיר ב-1995, פרופסור חבר בשנת 2000 ופרופסור מן המניין ב-2008. הוא מילא את התפקידים הבאים: ראש החוג ללימודי האסלאם והמזה"ת (2001-1997), ראש המכון ללימודי אסיה ואפריקה (2001-2004, ושוב מ-2008-2010), והראש המייסד של המרכז לחקר האסלאם ע"ש נחמיה לבציון ז"ל (2004-2007). בין השנים 2010 עד 2014 ראובן עמיתי היה הדיקן של הפקולטה למדעי הרוח באוניברסיטה העברית. הוא שהה שנתיים (2014-2016) באוניברסיטת בון שבגרמניה כעמית בכיר במכון ללימודים ממלוכיים (Anna-Marie Schimmel Kolleg). מאז חזרתו הוא יו"ר רשות הספריות של האוניברסיטה העברית ומשנת 2019 הוא הראש האקדמי של תכנית "חבצלות".

תחום התעניינות האקדמי של ראובן עמיתי הוא ארצות המזרח התיכון, מרכז אסיה ואזור הים התיכון מאז בין השנים 1000 ל-1500 לספה"נ בקירוב. הוא מתמחה בעיקר במפגש בין המוסלמים לעמי הערבה האירו-אסייתית (התורכים והמונגולים) מחד גיסא, ובמפגש המוסלמי עם  הנוצרים האירופיים (בתקופה הצלבנית ואחר-כך) מאידך גיסא.  בין היתר עסק גם בהיסטוריה הצבאית של האזור וגם בתולדות סוריה וארץ-ישראל בימי הביניים המאוחרים.

שלושת הספרים האחרונים שערך (כל אחד עם שותף אחר):

Reuven Amitai and Michal Biran, editors.  Nomads as Agents of Cultural Change: The Mongols and Their Eurasian Predecessors.  “Perspectives on the Global Past.”  Honolulu: University of Hawai’i Press, 2015.

Reuven Amitai and Christoph Cluse.  Slavery and the Slave Trade in the Eastern Mediterranean, 11th to 15th Centuries. “Mediterranean Nexus,” 5. Turnhout: Brepols, 2017.

Reuven Amitai and Stephan Conermann.  The Mamluk Sultanate from the Perspective of Regional and World History: Economic, Social and Cultural Developments in an Era of Increasing International Interaction and Competition. “Mamluk Studies,” 17.  Göttingen: V&R Unipress and Bonn: University of Bonn Press, 2019.