קבוצות מחקר
קול קורא להגשת הצעות לקבוצות מחקר מתפרסם בכל שנה בחודש יוני, כשנתיים וחצי לפני תחילת פעילות הקבוצה. את ההצעות לקבוצת מחקר מגישות ומגישים ארבע/ה חוקרות וחוקרים בכירים. המועד האחרון להגשת ההצעות הוא חודש דצמבר, כשישה חודשים אחרי פרסום הקול הקורא. את הקבוצה בוחרת הוועדה האקדמית, המקבלת את החלטתה בתחילת חודש ינואר.
לאחר מכן, בחודש פברואר, יוצא קול קורא המזמין ארבע תלמידות ותלמידי מחקר מצטיינים של האוניברסיטה העברית ואשר תחום מחקרם קרוב לנושא הקבוצה, להצטרף אליה. בחודשים מרס ואפריל מתכנסת ועדה שמראיינת את המועמדים והמועמדות שנבחרו לשלב הראיונות, ובוחרת מתוכם את ארבע תמידות ותלמידי המחקר של הקבוצה.
הקבוצה מתחילה לפעול במרכז מנדל סכוליון בראשית חודש אוקטובר.
מלגאיות ומלגאי מנדל
קול קורא להגשת מועמדות למלגות מנדל מתפרסם בכל שנה בתחילת חודש יוני, כאשר המועד האחרון להגשה הוא חודש ספטמבר. התיקים של הפונות והפונים נשלחים להערכה חיצונית שלאחריה מתכנסת הועדה האקדמית של המרכז, המורכבת מחוקרים וחוקרות בעלי שם מן האוניברסיטה העברית וממוסדות אחרים בארץ ובעולם. מתוך כלל המועמדים והמועמדות נבחרים בקפידה מספר קטן של חוקרים וחוקרות המוזמנים לראיונות עם חברי הוועדה האקדמית. החוקרות והחוקרים שנבחרים נקלטים במרכז מנדל סכוליון לשלוש שנים.